Les sources divergent beaucoup sur la question des pertes algériennes, qui sont difficiles à évaluer avec précision, faute d'une enquête réalisée dans toutes les localités d'Algérie192. Benjamin Stora évoque la difficulté de décompter le nombre des victimes civiles: tués dans les zones éloignées, victimes des opérations armées ou de bombardements de l'armée française, exécutées par l'ALN et ceux pris entre deux feux193.
Le général de Gaulle parlait de 78 000 victimes en octobre 1958, et de 145 000 en novembre 1959194.
Selon Djamila Amrane (archives algériennes), sur un total cumulé de 336 748 moudjahidines (132 290 maquisards du FLN et 204 458 civils du FLN) 152 863 ont été tués195,196, valeur qui correspond sensiblement à l’évaluation du 2e Bureau.
Les civils forment la majeure partie des pertes humaines des populations musulmanes. Les chiffres de un million (journal El Moudjahid, dès 1959), puis de un million et demi de morts, ont été avancés en Algérie, sans base historique sérieuse193.
Des historiens et des démographes se sont penchés sur la question :
- Selon Guy Pervillé « Contrairement au mythe accrédité en Algérie [...] la guerre n'a pas causé 1 million ni 1 million et demi de morts algériens [...] même si la comparaison des recensements d'avant et d'après 1962 ne permet pas d'établir en toute certitude un bilan inférieur à 300 000, voire à 250 000 morts »197,198.
- Selon Xavier Yacono, dans une étude parue en 1982, estime, toujours à partir des recensements, les pertes algériennes à un peu moins de 300 000 morts199, bilan proche d'une estimation de Krim Belkacem200.
- Selon Benjamin Stora, exploitant les travaux de chercheurs ayant utilisé la même méthode scientifique classique de comparaison des recensements de population et d'analyse de la pyramide des âges pour calculer « la surmortalité de la guerre », le déficit se situe entre 350 000 et 400 000 morts, soit 3 % de la population algérienne193.
La World Peace Foundation, estime à 300 000 les décès algériens globaux, incluant des combattants. Martin Evans donne un aperçu des sources, et des débats sur le nombre de personnes décédées à la suite du conflit. Citant le travail de l'historien Charles-Robert Ageron, Evans note une tendance à la hausse de la violence entre le FLN et l'armée française qui commence en novembre 1954, et culmine en avril 1958. La violence commise par l'OAS atteint son apogée juste après la période de cessez-le-feu. Les massacres anti-harkis ont pris de l'ampleur en juillet 1962201.
La guerre fratricide entre le FLN et le MNA, mouvement de Messali Hadj fait 4 300 tués et 9 000 blessés en France et environ 6 000 tués et 4 000 blessés en Algérie202.
Le FLN a été responsable, entre 1954 et le 19 mars 1962, de la mort de 16 378 civils algériens et de 13 296 disparus, selon Guy Pervillé202.
Quant au nombre de harkis massacrés après le cessez-le-feu, en violation des accords d'Evian selon lesquels il n'y aurait de représailles ou d'épuration ni du côté algérien, ni du côté français, les estimations varient entre 15 000 et 100 000 personnes203. Les chiffres des morts sont encore contestés car basés sur des témoignages locaux extrapolés à l’ensemble du pays, ce qui est peu probable. Toutefois selon Jean-Charles Jauffret : « Il semble qu'un consensus rassemble peu à peu les historiens français à propos de cette question et qu'une évaluation entre 60 à 80 000 victimes soit retenue »204. Les massacres de supplétifs ont commencé dès mars 1962 et ont culminé à l’automne. Ils sont dus à des règlements de compte entre clans rivaux, des vengeances mais aussi au zèle des « marsiens », ralliés FLN de la 25e heure, voulant montrer leur patriotisme de façade.
Par ailleurs, la torture pendant la guerre d'Algérie a été pratiquée aussi bien par l'armée française que par les insurgés algériens. Le nombre de torturés n'est pas connu avec certitude mais il devrait concerner des centaines de milliers d'indigènes et des centaines de prisonniers français205.
Le nombre de disparus n'a jamais été connu. Certains ayant été exécutés et ensevelis dans des fosses communes clandestines ou dans des stades municipaux.
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